Yu, P., X. Yang, W. Zhou, W. Yang, L. Zhou, S. Liu, Q. Wan & J. Zhang (2019): Comparative mitogenomic and phylogenetic analysis of Apalone spinifera and Apalone ferox (Testudines: Trionychidae). – Genetica 147(2): 165-176.
Mitochondriale Genomvergleiche und eine phylogenetische Analyse für Apalone spinifera und Apalone ferox (Testudines: Trionychidae).
DOI: 10.1007/s10709-019-00059-1 ➚
Apalone spinifera,
ein Tier vom Yellowstone
und die Crew
© Kayhan Ostovar
Die Weichschildkröten Apalone spinifera (AS) und Apalone ferox (AF) sind zwei ökonomisch wichtige Arten. AF wird im Gelben-Fluss in China gefangen und gehört zur Familie der Trionychidae. Allerdings die Klassifizierung für AS wird derzeit neu diskutiert. Das mitochondriale Genom (Mitogenome) wurde häufig zur Speziesidentifizierung und für Populations- und phylogenetische Analysen eingesetzt. Um nun die phylogenetischen Mitogenomcharakteristika für AS und AF, aufzuklären sequenzierten wir die kompletten Mitogenome und annotierten und analysierten sie hier. Die kompletten Mitogenome für AS und AF sind 16,817 bp und 16,756 bp (Basenpaare) lang. Beide Mitogenome enthalten 37 Gene, sieben kurze intergen-Trennsequenzen und zwei lange Intergensequenzen (Spacer). Die vergleichende Analyse zeigt, dass es 1,137 Unterschiede (6.79 %) zwischen beiden Mitogenomen gibt. AS und AF Mitogenome zeigten eine Bevorzugung bestimmter Nukleotide, Codons und Aminosäuren. Zusätzlich zeigte das Verhältnis von nicht-synonymer Substitutionsrate zu synonymer Substitutionsrate an, dass es bei allen Protein-kodierenden Genen (PCGs) zu einer stark ausgeprägten bereinigenden Selektion kam. Die phylogenetischen Stammbäume die anhand von 13 PCGs konstruiert wurden zeigten eine deutliche Beziehung zwischen den Weichschildkröten und legen nahe, das AS die Schwesterart von AF innerhalb der Gattung Apalone ist. Diese Daten können für weitere Studien in Bezug zur Artidentifikation für Populationsanalysen und zum Studium von Mitogenomeigenschaften bei Weichschildkröten genutzt werden.
Galerien
Apalone ferox – Florida-Weichschildkröte
Apalone spinifera – Dornrand-Weichschildkröte