Das, S. P., R. Krishnan, M. Sunil, A. Majhi, F.-H. Yakshita, F.-H. Nan & A. Srivastava (2024): Low depth sequencing reveals the critically endangered Batagur kachuga (Red-crowned roofed turtle) mitochondrial genome and its evolutionary implications. – Gene 927: 148671.
Eine Low-depth Sequenzierung entschlüsselt das mitochondriale Genom der hochgradig gefährdeten Batagur kachuga (Bengalischen Flussschildkröte) und seine Auswirkungen auf deren Evolutionslinie.
DOI: 10.1016/j.gene.2024.148671 ➚
Batagur kachuga,
© Edoardo Bardi
Die Batagur kachuga (B. kachuga), auch bekannt als Bengalische Flussschildkröte, ist eine vom Aussterben bedrohte Art, die in Indien und seinen Nachbarländern wie Bangladesch und Nepal heimisch ist. Die vorliegende Studie ist der erste Bericht über das vollständige mitochondriale Genom von B. kachuga (16.517 bp), das mithilfe des Next-Generation-Sequencing (NGS)-Ansatzes aus der DNS der Eierschale erstellt wurde. Das Mitochondriengenom enthält 22 Transfer-RNSs (tRNSs), 2 ribosomale RNSs (rRNSs), 13 proteincodierende Gene (PCGs) und eine mutmaßliche Kontrollregion (CR/D-Schleife). Die CR-Region aus der aktuellen Studie weist konservierte TAS-, CD- und CSB-Domänen sowie zwei AT-reiche Tandem-Repeat-Regionen auf. Die meisten Gene werden im schweren Strang kodiert, mit Ausnahme des Gens der NADH-Dehydrogenase-Untereinheit 6 (ND6) und sieben tRNS-Genen. Die meisten PCGs beginnen mit dem Initiationscodon ATG, mit Ausnahme des COI-Gens (Cytochrom-Oxidase-UntereinheitI), das mit dem Codon GTG beginnt. Die vorliegende Untersuchung sagt auch die ausgeprägten Kleeblattstrukturen der tRNSs voraus, mit Ausnahme von tRNS-Ser1 und tRNS-Ser-2, denen ein DHU-Arm fehlt. Die vergleichende Analyse von Ka/Ks mit anderen 33 Arten der Ordnung Testudines in Bezug auf B. kachuga ergab eine negative Selektion in den meisten PCGs, was auf einen Prozess der Konservierung und Reinigung hinweist, der dazu beiträgt, unerwünschte oder schädliche Substitute zu eliminieren. Die phylogenetische Analyse dieser Art wurde anhand des vollständigen Mitogenoms von 33 Schildkrötenarten durchgeführt. Der phylogenetische Baum mit maximaler Wahrscheinlichkeit unterstützt jede Familie in verschiedenen Kladen und zeigt auch eine enge Beziehung zwischen den Gattungen Pangashura und Batagur. Unsere Studie legt nahe, dass die Generierung genomweiter molekularer Daten in Form von Mitogenomen, SNPs und SSRs erforderlich ist, um das Verständnis dieser Arten, ihrer Phylogenetik und ihrer evolutionären Beziehungen zu verbessern, was wiederum zu einer Verbesserung der Schutzbemühungen für diese Arten beitragen wird.
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Batagur kachuga – Bengalische Flussschildkröte