Cao, D., M. Wang, Y. Ge & S. Gong (2019): Draft genome of the big-headed turtle Platysternon megacephalum. – Scientific Data 6(1): 60.
Ein Entwurf des Genoms für die Großkopfschildkröte, Platysternon megacephalum.
DOI: 10.1038/s41597-019-0067-9➚
Platysternon megacephalum,
© Hilmar Hufer
Die Großkopfschildkröte, Platysternon megacephalum ist das einzige Mitglied der monotypischen Familie der Platysternidae und sie zeigt einige distinkte Charakteristika wie den besonders großen Kopf, den langen Schwanz, einen flachen Carapax und eine Vorliebe für Habitate mit niedrigen Wassertemperaturen. Wir führten eine Gesamtgenomsequenzierung, Zusammenstellung und Genannotation für eine adulte männliche Großkopfschildkröte basierend auf der Illumina HiSeq X – Genomsequenzierungsplattform durch. Wir generierten etwa 497,1 Gb an Rohsequenzdaten (x208,9 Tiefe) und produzierten einen Genomentwurf mit einer Gesamtlänge von 2,32 Gb und ein zusammenhängendes Gerüst mit N50 Größen von jeweils 41,8 kb und 7,22 Mb. Wir identifizierten 924 Mb (39,84 %) an repetitiven Sequenzen, 25.995 für Protein-kodierende Gene und 19.177 für nicht-kodierende RNS’s. Wir generierten das erste De novo-Genom einer Großkopfschildkröte und diese Daten stellen eine Grundvoraussetzung dar für das Verstehen und die Untersuchung der Genominnovationen und der dazu beitragenden molekularen Mechanismen die zu deren einzigartiger Morphologie und Physiologie führten.
Kommentar von H.-J. Bidmon
Genetische Grundlagen (sogenannte Blaupausen) sind sicherlich ein wichtiger Aspekt zur morphologischen und physiologischen Ausgestaltung eines Organismus. Allerdings wage ich zu bezweifeln, dass sich damit allein die morphologischen und physiologischen Anpassungen untersuchen und erklären lassen die wir rezent also gegenwärtig bei den Individuen der Art beobachten können. Denn bislang mussten wir für alle daraufhin im Detail untersuchten Spezies den modulierenden Effekt der gegenwärtigen lokalen Umweltbedingungen als modulierenden Faktor akzeptieren der einen nicht zu vernachlässigenden Einfluss auf die genetisch ererbten Vorgaben ausübt.
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Platysternon megacephalum – Großkopfschildkröte